Σε καθεστώς προστασίας τίθενται η λίμνη της Καστοριάς και η παράκτια περιοχή της, σύμφωνα με σχέδιο Προεδρικού Διατάγματος που κατατέθηκε για επεξεργασία στο Συμβούλιο της Επικρατείας. Με το ίδιο σχέδιο διατάγματος προβλέπεται η ίδρυση φορέα διαχείρισης της λίμνης η οποία θα χωρίζεται σε δέκα ζώνες προστασίας.Συγκεκριμένα, το σχέδιο Π.Δ. προβλέπει:
* Την προστασία και τη διατήρηση του λιμναίου και χερσαίου περιβάλλοντος της λίμνης Καστοριάς (στην οποία υπάρχουν σημαντικοί οικότοποι), τη διατήρηση των υπαρχόντων ενδιαιτημάτων ορνιθοπανίδας και την προστασία των σπάνιων και απειλούμενων ειδών που φωλιάζουν στην περιοχή της λίμνης.
* Τον περιορισμό της δόμησης μέσα στις ζώνες αλλά και πέριξ.
Ακόμη, προβλέπεται η ίδρυση Φορέα Διαχείρισης της Περιοχής Προστασίας της Φύσης Υγρότοπου Λίμνης Καστοριάς (Νομικό Πρόσωπο Δημοσίου Δικαιου) μη κερδοσκοπικού χαρακτήρα. Αποστολή του φορέα αυτού -οποίος θα επιβαρύνει τον κρατικό προϋπολογισμό με 50.000 ευρώ- θα είναι η προστασία, η διατήρηση και η διαχείριση της προστατευόμενης περιοχής. Να σημειωθεί ότι για τη λειτουργία του φορέα, που θα διοικείται από 11μελές διοικητικό συμβούλιο, προβλέπονται δαπάνες ύψους 235.952 ευρώ ετησίως.
Το διοικητικό συμβούλιο θα είναι αρμόδιο για τη χορήγηση αδειών για επιστημονική έρευνα, για ξενάγηση επισκεπτών και διεξαγωγή οικοτουριστικών και εναλλακτικού τουρισμού προγραμμάτων.
